入城后，阎应元立即把全城的户口分别丁壮老幼详加调查，挑选年轻力壮的男子组成民兵，会合乡兵二十余万人分班上城。

每个城垛十名按时换班，由武举人王公略守东门，汪把总守南门，陈明遇守西门，应元自任守北门。

他和陈明遇兼负昼夜巡查四门的责任。对城中过往行人严加盘诘，肃清内奸。

为了解决军械粮饷供应，阎应元同绅民商议后，委任擅长理财人士负责把城内公私所藏物资分类征集，统一分配使用。

在阎应元的领导下，很快就做到了人尽其才物尽其用，各方面的工作做得井井有条。

十一日，清兵攻打阎应元镇守的北门，城上矢石如雨注清兵不敢接近，主帅刘良佐大怒，命令上将九员先驾云梯上城，城上以长枪刺，上将五死四伤。

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次日，清兵仍攻北门，城外放炮呐喊，三万军造浮桥十条，一齐渡过外城河，分十处登云梯上城。

阎应元指挥城上用砖石掷下，以长枪拒敌，一时间乱石纷飞炮火连绵，双方死亡不计其数。

清兵攻城不利又起劝降之念，刘良佐亲作劝民歌，希望江阴投降，阎应元不从。

江阴在坚守的同时向四方请求援助，黄蜚、吴之葵领兵至太湖，与清贝勒博洛大军相遇，二人兵败被俘后投降清朝。

海寇顾三麻子因敬慕阎应元的为人，率舟师来援苦战三日后失败，扬帆远去。

此外，义阳王来援败于砂山，秀才金矿会集精勇四百余人来援，被刘良佐以铁骑三千截在周庄左右全军俱没。

外兵屡败江阴沦为孤城，即便如此，刘良佐心有余悸不敢再攻城，只用火炮攻击北城彻夜不息。

城垛在炮火的轰击下塌陷数丈，阎应元命石匠砌墙，匠危惧不前，阎应元言辞恳切动之以情石匠深受感动，于是冒死登城修葺城垛使之牢固如初。

十四日，阎应元利用清军劝降之机，派城中老者以奉送降礼为名，暗携火药进入清军营帐，炸死清军官兵两千余人。

十七日夜，阎应元挑选勇士千人出南门劫营，或执板斧，或执短刀，或用扁担，突入敌营伤千余人。

及他营来救，应元兵已返回城中，此役之后刘良佐再次后撤扎营在十方庵。

十八日，刘良佐令十方庵的僧侣向城跪泣陈说利害，劝江阴军民早降。城中皆愿以死报国要他速去。

十九日，刘良佐策马来到城下劝应元道：“弘光已北，江南皆下，若足下转祸为福爵位岂在良佐下，何自苦如此？”

阎应元从容道：“江阴士民三百年来食毛践土深戴国恩，不忍望风降附，应元是大明典史深知大义所在绝不服事二君。

将军位为侯伯掌握重兵，进不能恢复中原退不能保障江左，有何面目见我江东忠义士民乎？”

良佐惭愧不已，又以清廷召谕相示，劝江阴士民接受招安。应元怒道：“有降将军，无降典史。”一声梆响，火箭齐发，良佐连跨三四马逸去，叹息道：“江阴人没救了！”

清朝亲王多铎闻知江阴久攻不下极为震怒，他先派恭顺王孔有德率所部兵协攻，接着又派贝勒博洛和贝勒尼堪带领满洲兵携红衣大炮前往攻城。

贝勒博洛平定松江后，统率所部二十万大军来到江阴城下，他认为刘良佐曾任明朝伯爵手握重兵，却连一个江阴县城也攻不下来无能至极，于是打了他一顿板子。

他登山而望，巡视江阴城防后，对手下讲：“此城舟形也，南首北尾，若攻南北，必不破。惟攻其中，则破矣。”

他命人绑缚降将黄蜚、吴之葵到城下，命令他们做书劝降，应元叱道：“大臣被缚，当速就死，何必喋喋不休！”

博洛见阎应元义不可动，发起总攻，分兵先抄断各镇救兵，以竹笼盛火炮鼓吹前迎，炮手披红挂彩限三日破城。

二十日至二十七日，清兵轮番攻城不息，阎应元指挥防御浴血奋战，终保江阴城池不失。

八月初，江阴民兵昼夜守御甚感疲惫，开始有人出城投降，清兵在城外四处杀掠民不聊生。

为江阴百姓不齿，那些剃发投降的人被城上看见必然痛骂，即使是至亲也像仇敌一般。