等到真正参与进这个项目,黄世杰才发现其中艰难之处,曾凡开源的酵母菌基因功能演化模拟程序,他和十几位同学花费几天熟悉和调试后,略微调整参数很快就能在学校超算上跑通了,给他增加了很多信心。
随后,弗兰克教授准备模拟冈比亚按蚊的基因演化,让黄世杰他们着手修改程序,这可就把他们这些只有简单生物学基础的新科博士生给难住了。
酵母菌六千多个基因,曾凡的程序里定义了六千多看上去大同小异的函数,每一个在他看来都复杂无比,尽管注释中都标明了功能作用,这种怪异的编程手法,他们理解起来仍然很吃力。
好在,酵母菌的这些基因函数只有一千多在模拟演化程序中发生作用,他们十几个同学分工合作,花了十几天时间总算是大致搞明白了。
接下来的工作,冈比亚按蚊有一万四千多基因,每个基因序列都更复杂,整个基因组数据含量是酵母菌的二十多倍,演化过程发挥作用的基因数量未知,大部分的功能也未知,他们十几个人要把这些基因函数按照已经测序完成的碱基序列一个个补全,还要把和酵母菌基因功能重叠的部分加入进去,然后独立完成一些关键基因函数的编写,确保模拟程序能在超算中按照冈比亚按蚊的实际孵化过程运行起来。
这个工作好像给了他们十几个人一张土星五号火箭的照片和几个技术参数,然后让他们把火箭每一个零件的详细图纸在计算机上画出来,还要写出一个程序,能模拟火箭从发射到运行全过程,还要能随时获得精确的运行参数。
不是工作量大小的问题,别说给他们一个博士学位,就是给个诺贝尔奖他们也完不成啊,弗兰克无法理解他们的难处,冈比亚按蚊是比黑腹果蝇稍微复杂一点,可是两边相差不过两个多月,人家那边模拟程序都运行几次了,他们这边代码为什么还没改完呢?
加州理工只有曾凡一个人写代码,自己这边可是十几个有经验的博士生,为什么差距如此之大,弗兰克召集他们开会仔细询问才明白原因,归根结底就是,有时候单纯堆积数量不管用,自己新招的十几个学生顶不上人家一个人。
可是,自己这边大张旗鼓的申请经费开展项目,要求学校全力支持,总不能半途而废吧,于是才有了曾凡和帕米拉的这次纽约之行。
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他们俩人被安排在紧靠中央公园的一家五星级酒店,下飞机后已经很晚了,直接休息。
纽约比洛杉矶的日出早三个小时,睡了一晚上曾凡的时差迅速的调整了过来,早早的就醒了,在三十多层的酒店里,隔着窗户看了一次和平时不一样的日出。