二郎神可不是上清系统，他知道世界树的确是原来宇宙万族的一个专门针对人类的武器，不过那就是一件武器，绝对不会像上清系统以为的那样，说出世界树是意识的集合体什么的，那都是无稽之谈。是东方天界为了逼迫西方天界，交出世界树研究资料而故意编造的一则危言耸听的坊间谣言而已，也只有那些闲的无聊的人或者系统什么的才会去相信这种鬼话。
世界树就只是一颗植物仅此而已，而一颗植物自然只会有本能，不会存在什么主动且有计划的意识。然而事实上当世界树被之前的司徒新莉，还有刚才的上清系统他们看见了的时候，它可是想要杀人灭口的，这就是主动且有目的性的意识行为了。
不仅如此，从杨明轩看到的幻象中还可以知道，世界树不仅仅是杀人灭口了，而且还将司徒新莉给完美的复制了出来以此来蒙蔽东方天界的耳目。
即使是二郎神都没有看出来有什么问题，若不是有杨明轩出现的那个幻象的话，二郎神都不知道还发生过这样的事情。是的，杨明轩看到的幻象说是幻象并不准确，他当时可是被困在了五维空间中，那就说明他看到的可不是一般的幻象，而是在曾经的时间线发生过的事情，所以二郎神才会相信杨明轩看到的应该就是曾经发生过的事实。
司徒新莉和成都城的大部分劳动力，都已经变成了琥珀留在了世界树中。现在在成都城中的人全都是或者说大部分人恐怕都是和司徒新莉一样的，是世界树复制出来的“赝品”，只不过只有司徒新莉这个天界道教的预备代理人，因为她的生命层面远高于那些在代理人战场中布置的人造生命体，所以只有她发现了问题觉得她已经死了。
这就是有目的的计划性行为，绝对不是一颗植物的本能反应能够做出来的，这就是一个矛盾之处。
第二处让二郎神觉得有问题的地方就是，世界树刚才出手打断了上清系统的思路这一点。上清系统他们能够从世界树中活着出来，并不是什么很困难的事情，事实上也不过就是杨明轩总算是会了一个幼儿园小班级别的道术，将物质从原子层面间的间距给改变了一下而已。
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这算是对付世界树本能的反应吗？不可能，若真是世界树本能的反应的话，不要说是杨明轩这种半吊子都称不上的预备代理人了，就是他二郎神自己都难以招架，这一点二郎神已经亲自试过了。
所以杨明轩他们碰到的根本就不是世界树对他们的本能反应，而是有人在这世界树之后操纵着世界树对他们发起了攻击而已，
想来也是这样，杨明轩他们只是看了一眼世界树而已，肯定不会遭到世界树本能的反击才对，若是看一眼就会遭到世界树本能的反击，那西方世界早就已经不复存在了才对，还别提什么研究了。那么就有可能是有人在背后操纵了世界树，只不过看来世界树背后的人对世界树的操控力度并不是很强，仅仅只能够做到分泌出树脂和指挥树脂分泌出来后演变的生灵对他们发动了攻击，还有复制而已。
第三处二郎神觉得有疑惑的地方就是，世界树在融合了敖烈的意识之后，将这个融合的意识以它为主导，敖烈恐怕只是作为一个为了想要融合东方世界规则的工具而已。接着世界树将意识世界和现实世界对调了过来，现实世界变成了意识世界、意识世界变成了现实世界，同时还将这份融合了敖烈的意识给分成了明显意识和潜意识两个部分，以此达到深藏在意识世界之中，而不会明目张胆的出现在东方世界中。